Colossal'ın GenoMorph yapay zekası dodo geri getirme projesi için 2.300 gen düzenleme hedefi ortaya çıkardı

Colossal Biosciences, yalnızca antik DNA parçalarının mevcut olduğu durumlarda hangi genlerin düzenlenmeye değer olduğunu tespit ederek geri getirme programlarını hızlandıracağını söylediği GenoMorph adlı bir yapay zeka platformunu tanıttı. Haberi ilk kez duyuran TechCrunch'a göre şirket, aracı dodo'yu geri getirme çabasına şimdiden uyguluyor.

GenoMorph ne yapıyor

Platform, genomik verilerin kıt olduğu türlerde aday genleri işaretlemek için karşılaştırmalı genomik, 3D morfoloji ve gelişim biyolojisini birleştiriyor. Bu kıtlık, dodo projesinin temel sorunu: Colossal, tek bir dodo genomuyla çalışıyor; buna karşılık yünlü mamut çabasında yaklaşık 100 genom mevcut. Şirket, TechCrunch'a bu farkın iklimden kaynaklandığını, çünkü soğuk ortamların mamut DNA'sını, dodo'nun yaşadığı tropik koşullardan çok daha iyi koruduğunu söyledi.

Colossal CEO'su ve kurucu ortağı Ben Lamm, TechCrunch'a bilim insanlarının normalde hangi genetik farklılıkların belirli özellikleri yönlendirdiğini anlamak için birçok genomu karşılaştırdığını, ancak bu yaklaşımın soyu tükenmiş bir tür için yalnızca az sayıda tam genom var olduğunda çöktüğünü açıkladı.

Nasıl inşa edildi

Sistemi eğitmek için Colossal, tavuk, bıldırcın, ördek ve güvercinlerden gelişimsel veriler topladı ve bunu 70'ten fazla kuş türünden genetik bilgilerle ve 3D kafatası ölçümleriyle eşleştirdi. Lamm, bu çabanın inşa edilmesinin bir yıldan fazla sürdüğünü söyledi. Yapay zeka, kuşlar gagalarını ve yüz yapılarını geliştirirken hangi DNA bölgelerinin aktif olduğunu öğreniyor ve sonra bu bilgiyi, dodo'nun kendine özgü görünümünü üretmiş olabilecek genetik anahtarları tahmin etmek için kullanıyor. Lamm, platformu dodo genomu için bir "hazine haritası"na benzeterek, aramayı gerçekten önemli olan genetik farklılıklara daralttığını söyledi.

Hedefler belirlendi, sıra laboratuvar testlerinde

Lamm, TechCrunch'a GenoMorph'un şu ana kadar ekibin laboratuvarda test edebileceği, dodo kraniofasiyal morfolojisi için yaklaşık 2.300 umut verici DNA düzenleme hedefi belirlediğini söyledi. O aracı, geri getirmenin en büyük darboğazlarından birinin aşılmasının bir yolu olarak tanımladı: soyu tükenmiş bir türü ilk place özgün kılan değişiklikleri bulmak.

Ancak bir düzenlemeyi tanımlamak, işe yaradığını kanıtlamakla aynı şey değil. Colossal ayrıca, gen düzenleme araçlarını doğrudan gelişmekte olan kuş embriyolarına taşıyacak ve araştırmacıların kuşların cinsel olgunluğa ulaşması için tam bir üreme döngüsünü beklemeksizin bir genetik değişikliğin gelişimi nasıl etkilediğini gözlemlemelerini sağlayacak, lipid nanopartiküller kullanan bir taşıma sistemi geliştirdi.

Güvercinlerde destekleyici ilerleme

Platform lansmanının yanı sıra şirket, dodo'nun en yakın yaşayan akrabası olan Nikobar güvercini kolonisinin 36 kuşa ulaştığını ve yumurta ve sperm haline gelecek temel hücreleri başarıyla oluşturduğunu söyledi. Lamm, bu hücreleri dodo özellikleri taşıyan kuşlar yaratma stratejisinin kritik bir bileşeni olarak niteledi. Bir sonraki acil adım, GenoMorph'un tahminlerini laboratuvarda kanıtlamak.

Güvenlik konusunda Lamm, GenoMorph'un genleri kendisinin düzenlemediğini vurguladı; araç, incelenmeye değer değişiklikleri kısa listeye alıyor. Bir aday düzenlemenin tanımlanması, onun hemen bir hayvana sokulduğu veya güvenli olduğu varsayıldığı anlamına gelmediğini ve daha hassas tanımlamanın aşağı akış kararlarını daha bilinçli hale getirdiğini söyledi.

TechCrunch'ın bildirdiği ilgili bir gelişmede ise XPRIZE kurucusu ve Colossal yatırımcısı Peter Diamandis, Colossal'ın programlanabilir biyoloji platformu üzerine sağlık, tarım ve koruma alanlarında şirket kuranları desteklemek için NeoGenesis Capital adlı yeni bir girişim firması duyurdu.

Neden önemli

Geri getirme her zaman gen düzenleme araçlarından çok, bu araçları nereye yönlendireceğini bilmekten kısıtlanmıştır. GenoMorph, seyrek antik DNA gibi bir veri sorunını, yaşayan akrabalardan gelen bilgileri kullanarak parçalı genomların doğrudan gösteremediğini çıkarsamaya dayanan bir makine öğrenmesi sorununa dönüştürme girişimidir. Tahmin edilen dodo düzenlemeleri laboratuvar testlerinde doğrulanırsa, aynı yaklaşım sınırlı genomik kaydı olan — ki bu çoğu soyu tükenmiş hayvanı tanımlar — diğer türlere aktarılabilir. Lamm ayrıca temeldeki teknolojilerin, yaşam ağacının başka yerlerindeki projeleri destekleyebilecek şekilde yakınsadığını öne sürdü. Duyuru aynı zamanda yapay zekanın metin ve görüntülerdeki örüntü eşleştirmenin ötesine geçerek test edilebilir biyolojik hipotezler üretmeye doğru ilerlediğini gösteriyor; nihai hakem ise model değil, laboratuvar olmaya devam ediyor.